پس از آن، به بند 209 زندان اوین تحویل داده شد و پس از تحمل 2 ماه حبس به بند نسوان این زندان منتقل گردید. شیرین در 28 آذر ماه 1388 به اتهام خروج غیرقانونی از مرز به تحمل دو سال حبس تغزیری و به اتهام محاربه از طریق ارتباط با پژاک، به اعدام محکوم شد.

شیرین اهل روستای محرومی در نزدیکی رود ارس است و در تمام سالهای کودکی خود شاهد فقر و تبعیض های اقتصادی و جنسیتی در محیط زندگی اش بوده است. دیدن تجربه های تلخ دختران هم نسلش و خودکشی ها و خودسوزی های آنان یا تن دادن به زندگی هایی بدون عشق و آکنده از خشونت سرانجام باعث شد که او در آستانه یک ازدواج اجباری، محل زندگی خود را ترک کند.
حکم دادگاه شیرین، براساس اظهاراتش در بازجویی های تحت شکنجه صادر شده است. این در حالی است که اصل 38 قانون اساسی هرگونه شکنجه برای گرفتن اقرار و یا کسب اطلاع را ممنوع دانسته و تصریح می کند که شهادت، اقرار و سوگندی که تحت اجبار از شخص گرفته شود، فاقد ارزش و اعتبار بوده و متخلف از این اصل باید مجازات گردد.

همچنین شیرین در تهران و به زبان فارسی تحت بازجویی قرار گرفته است در حالیکه او در طول دوران بازجویی به زبان فارسی تسلط نداشته و به دلیل کم سوادی، نگارش به زبان فارسی نیز برای او دشوار بوده است.شیرین اکنون و پس از گذراندن بیش از یک سال حبس در بند نسوان زندان اوین تا حدود کمی قادر به صحبت به زبان فارسی است. شکنجه، بازجویی علی رغم توجه به وضعیت متهم و در نهایت صدور حکم اعدام برای او حاکی از دادرسی ناعادلانه این پرونده است.

ما جمعی از فعالان حقوق بشر ضمن اعلام مخالفت خود با اعدام و شکنجه، خواستار بررسی مجدد و عادلانه پرونده این دختر جوان کرد و همچنین خواستار حمایت همه جانبه نهادها و سازمان های مدافع حقوق بشر در جهت لغو حکم اعدام شیرین علم هولی هستیم.